单位加班时间过长员工提出仲裁是合法的。用工单位与劳务派遣单位之间的合同争议，不属于用人单位和职工间的劳动争议纠纷，而属于民事合同关系，所以不能够申请劳动仲裁，应该通过法院诉讼途径解决。
劳动仲裁的注意事项：
1、别跑错仲裁局，一定要去公司注册地的仲裁局，实在搞不清楚可以先电话咨询市级仲裁局（电话可以通过搜索引擎或者打114查询）；
2、以上提及的材料，最少1式3份，1份自己留着，2份给仲裁局；
3、质证时要留心，对证据有疑问不认同要及时提出，不要情绪化；
4、仲裁过程中，仲裁员可能会劝当事人接受调解，可以听一听对方的条件，调解可以节省时间，尽快结束仲裁，同时意味着要做一定程度的让步，具体要不要接受决定，如果对仲裁结果不满意可以起诉。
法律依据：《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条
中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
（一）因确认劳动关系发生的争议；
（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；
（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；
（六）法律、法规规定的其他劳动争议。
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