法律分析：一、可能是你建宅的时候超标了，比如审批的时候，批了100平方，那你建房子的时候实际占用的是120平方，这样就非法违建了，首先要处理这个违建的事情，然后才能办理宅基地确权。二、就是一宅两户的情况，现在国家对农村宅基地的政策是一户一宅，一个家庭，想要多占一处宅基地的话，就要分户，有些农民在建房子的时候，通常没有拆除旧房子，就造成了一户两宅的局面，违背了国家的政策。三、还有一种情况是，有的人户口已经迁到城市里了，但是老家依然有你的宅基地，就造成宅基地的归属权不在你名下，房产证办不下来，就是这个原因。
法律依据：《不动产登记暂行条例》 第七条 不动产登记由不动产所在地的县级人民政府不动产登记机构办理；直辖市、设区的市人民政府可以确定本级不动产登记机构统一办理所属各区的不动产登记。跨县级行政区域的不动产登记，由所跨县级行政区域的不动产登记机构分别办理。不能分别办理的，由所跨县级行政区域的不动产登记机构协商办理；协商不成的，由共同的上一级人民政府不动产登记主管部门指定办理。
《中华人民共和国城市房地产管理法》 第六十条 房地产转让或者变更时，应当向县级以上地方人民政府房产管理部门申请房产变更登记，并凭变更后的房屋所有权证书向同级人民政府土地管理部门申请土地使用权变更登记，经同级人民政府土地管理部门核实，由同级人民政府更换或者更改土地使用权证书。法律另有规定的，依照有关法律的规定办理。
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