税务协查有虚开应进项转出，补缴税款。
被税务局认定虚开发票的，若是构成犯罪的，税务机关会将案件移送至公安机关。行为人一般情形下会被处三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金。
伪造、变造会计凭证、会计帐簿，编制虚假财务会计报告，构成犯罪的，依法追究刑事责任。被查出来虚开发票的，若支出真实且已实际发生，应当第一时间要求对方补开、换开发票、其他外部凭证。若情节严重，构成虚开发票罪的，会被判处二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金，情节特别严重的，处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
虚开增值税发票有以下三大认定标准 ：
1、没有货物购销或者没有提供或接受应税劳务而为他人、为自己、让他人为自己、介绍他人开具增值税专用发票；
2、有货物购销或者提供或接受了应税劳务但为他人、为自己、让他人为自己、介绍他人开具数量或者金额不实的增值税专用发票；
3、进行了实际经营活动，但让他人为自己代开增值税专用发票。
综上所述，税务协查有虚开需要及时补缴。
【法律依据】
《中华人民共和国刑法》 第二百零五条
虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金虚开的税款数额较大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金虚开的税款数额巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。
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