主动辞职和自动离职的不同在于：
1、性质不同辞职是劳动者向用人单位提出解除劳动合同或劳动关系的行为；而自离是职工根据企业和自身情况擅自离职，而强行解除与企业的劳动关系的一种行为。
2、待遇不同辞职是双方协商解除劳动合同。因为合同期未满，一般由劳动方提出解除合同申请，用工方同意后，视为协商解除劳动合同，用工方要给付劳动方应得的劳动报酬及其它权益。自离是劳动方未与用工方协商，单方面解除劳动合同，不仅不能得到应得的劳动报酬，还有可能遭用工方追诉违约损失。
3、主体不同解除劳动合同的运用主体可以是用人单位，也可以是劳动者。而辞职、自动离职的运用主体只是劳动者。
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