甲方不付工程款的处理方式是，有约定的按约定处理；没有约定的协议优先；协商不成的可以选择调解或诉讼；当事人有签订仲裁协议或仲裁条款的，可以申请仲裁机构进行仲裁。法律其他规定等。
《中华人民共和国民法典》第四百七十条 合同的内容由当事人约定，一般包括下列条款： （一）当事人的姓名或者名称和住所； （二）标的； （三）数量； （四）质量； （五）价款或者报酬； （六）履行期限、地点和方式； （七）违约责任； （八）解决争议的方法。 当事人可以参照各类合同的示范文本订立合同。 《中华人民共和国仲裁法》第二条 平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。
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