从工资扣工会费，不合法。因为员工的工资只能扣除社会保险或者税费，不能扣除工会的会费。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
《中华人民共和国工会法》第四十二条工会经费的来源： （一）工会会员缴纳的会费； （二）建立工会组织的企业、事业单位、机关按每月全部职工工资总额的百分之二向工会拨缴的经费； （三）工会所属的企业、事业单位上缴的收入； （四）人民政府的补助； （五）其他收入。 前款第二项规定的企业、事业单位拨缴的经费在税前列支。 工会经费主要用于为职工服务和工会活动。经费使用的具体办法由中华全国总工会制定。
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