特殊门诊可以回参保地办理，也可以异地办理。
特殊门诊申报程序：
1、初审申报，参保单位或参保个人首次申请须在每季度最后一个月十五日以前，凭医保手册到初审医院医保科领取表格并完整填写特殊病种门诊申请表，同时备齐申报病种的相关病历资料、一张近期一寸免冠照片，选定一家定点医院和一家特殊病种门诊服务药店就医、购药。异地安置人员特殊门诊申报由单位医保专干或本人到本市本级特殊门诊初审鉴定医院医保科办理相关手续；
2、医院初审，审医院收齐申请人的相应资料后，组织本院医疗专家诊查并初步鉴定；
3、专家评审，市医疗保险处每季季末组织本市城镇职工基本医疗保险专家委员会进行集中评审，专家委员会根据特门确认标准进行逐个审定；
4、发放特殊病种门诊专用病历，经市专家委员会评审通过的，特门申请人在下个季度第一个月五个工作日以后，携带医保手册到市医疗保险处领取特殊病种门诊专用病历，评审通过者于当月开始享受基本医疗保险特殊病种门诊待遇。经市专家委员会评审未通过的，注明未批准的原因并书面告知，同时将病历资料退回申请人；
5、特殊病种续办程序，特殊病种门诊A、B类有效期为两年，C类有效期为一年。病情未愈须继续治疗的，需要办理续办手续。
综上所述，特殊门诊是指符合规定大病、慢性病，在门诊治疗也可以按照住院那种报销，因为医保只报销住院费用的，但是一些大病和慢病，不一定需要住院，在门诊也可以做治疗，所以才有特殊门诊。
【法律依据】：
《中华人民共和国社会保险法》第六条
国家对社会保险基金实行严格监管。
国务院和省、自治区、直辖市人民政府建立健全社会保险基金监督管理制度，保障社会保险基金安全、有效运行。
县级以上人民政府采取措施，鼓励和支持社会各方面参与社会保险基金的监督。