以租代征是属于违法的行为，签订的租赁合同是无效的，所以农民可以通过起诉主张合同无效要回被违法租用的土地。
《土地管理法》第八十二条擅自将农民集体所有的土地通过出让、转让使用权或者出租等方式用于非农业建设，或者违反本法规定，将集体经营性建设用地通过出让、出租等方式交由单位或者个人使用的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令限期改正，没收违法所得，并处罚款。
国土资源部、农业部《关于进一步支持设施农业健康发展的通知》相关规定，县级国土资源主管部门和农业部门要依据职能加强日常执法巡查，对不符合规定要求开展设施建设和使用土地的，做到早发现、早制止、早报告、早查处。对于擅自或变相将设施农用地用于其他非农建设的，应依法依规严肃查处；擅自扩大附属设施用地规模或通过分次申报用地变相扩大设施用地规模，擅自改变农业生产设施性质用于其他经营的，应及时制止、责令限期纠正，并依法依规追究有关人员责任。
国土资源部关于坚决制止“以租代征”违法违规用地行为的紧急通知第二条规定，依法严肃查处“以租代征“违法违规用地行为。对擅自通过出让、转让或者出租等方式将农民集体土地用于非农业建设的单位和个人，应依据《土地管理法》第八十二条的规定追究法律责任；非法批准“以租代征“用地项目的国家机关工作人员，依照《土地管理法》第八十二条、《监察部国土资源部关于违反土地管理规定行为行政处分暂行办法》追究法律责任。涉及违法占用基本农田和耕地的，应依法从重处罚；涉嫌犯罪的，应移送司法机关追究刑事责任。
依法对“以租代征“违法违规用地行为处理后，确需补办用地手续的建设项目，必须附具对违法违规案件和有关责任人的处理意见及落实情况，征地补偿费用、耕地开垦费按违法用地期间最高标准支付和缴纳。有关地方要做好群众工作，依法保护农民集体和农户的合法权益，维护社会稳定。
一、“以租代征”对土地承包经营权人的影响
对土地承包经营权人而言，以租代征似乎解决了老百姓面朝黄土背朝天的生活，同时老百姓又能通过外出务工或其他途径获得额外收入，提高生活水平。但实际不然，因为此类违法用地形式弊远远大于利。
首先，以以租代征用地的项目多是一些永久性占地项目，建成以后很难恢复耕种，而随着国土资源部严查以租代征的违法行为，很多通过以租代征方式取得农民土地的建设项目被紧急叫停，被要求重新恢复耕地用途，而恢复耕地用途需要大量的资金，这些资金往往要求出租土地的农民来承担，有些建设项目甚至给土地造成永久性损害，而无法恢复耕地的用途。导致出租农民承担远大于收益的风险。
其次由于粮食价格逐年上扬，中央取消农业税、种粮直补政策的兑现，农民的种粮的收益逐年提高。因此，对于出租土地用于非农业建设的农民来说，很难达到其所谓的改善生活的理想要求。
最后，有些情况下，地方政府会为以租代征的用地方进行背书，“以租代征”用地项目的落地，往往与当地政府的默许、纵容甚至直接参与分不开。“以租代征”可以规避建设用地审批的高昂成本，加快项目上马进展的速度，又可以脱逃法定的税费和免除占用耕地而必须履行的占补平衡义务。地方政府不必为征地补偿费用和被征地农民安置、长远生计等问题困扰，更关键的是，可以突破建设用地指标的限制。而对用地企业而言，征地成本高、报批程序繁琐、周期长，不如签个租地协议，直接用地省时省事又省钱。
在司法实践中，不法分子通过土地以租代征的方式侵害农民的合法权益，并实现了对土地的霸占，公民在遇到相关情况时，可以立即向公安机关报警，或者向当地的土地管理部门举报，并按照相关法律规定的程序来进行处理，避免自身权益受到侵害。