遇到羁束行政行为对组织运营和效率造成负面影响时，管理者可以采取以下措施进行处理和解决：
制定明确的规章制度：建立完善的规章制度，明确各部门职责和权限，避免因过度的行政程序导致效率低下。
优化组织架构：审视组织结构，简化层级，减少冗余部门，提高决策效率和执行效率。
强化沟通协调：加强内部沟通和协调，建立信息共享机制，避免信息壁垒导致行政行为不协调。
推行科技化管理：引入信息化技术，提高工作效率和数据处理速度，减少不必要的行政程序和文件处理。
培训员工：加强员工培训，提高员工专业素养和执行力，减少因员工不熟悉规章制度而导致的行政羁束。
建立激励机制：建立绩效考核和激励机制，激发员工积极性，推动组织运营效率的提升。
定期评估和调整：定期对组织运营情况进行评估，及时发现问题并调整措施，持续优化管理模式。
例如，某企业在实施一项新项目时，由于行政程序繁琐，导致决策拖延，项目进度受阻，效率低下。管理者在发现问题后对行政程序进行了简化和优化，明确责任人和流程，推行了项目管理软件，加强了团队沟通，提高了决策效率和执行效率，最终顺利完成了项目。
综上所述，管理者应该通过优化规章制度、优化组织架构、加强沟通协调、推行科技化管理、培训员工、建立激励机制和定期评估调整等方式，处理和解决羁束行政行为对组织运营和效率的负面影响，实现组织的高效运营和持续发展。