1、商业贷款申请程序更简便。如果要申请公积金贷款，首先借款人要向个贷科提交贷款申请表及申请资料，这里面包括你的收入证明等，然后个贷科审查贷款申请、勘察现场，接着上报审贷会审批贷款，再接着受托银行通知借款人开立还款准备金账户并与之签订贷款合同和担保合同，然后借款人办理抵押物或质押权利的登记、备案等手续，这些程序走完后，再由个贷科划拨贷款资金，受托银行发放贷款。商业贷款是借款人签订购房合同后，直接到相关银行经办机构或与银行签订合作协议的开发商处提供有关材料，然后银行会查询个人征信记录，以及对有关材料进行审核，符合准入条件即可办理。
2、住房公积金贷款利率更低。住房公积金之所以受欢迎，最主要是因为其利率比商业贷款低得多。以北京为例，目前，首套房贷款期限5年以内(含5年)年利率为3.25%，5年期以上年利率3.75%。而商业贷款是在央行基准利率贷款期限1年以内年(含1年)利率为5.10%，1-5年期年利率5.50%，5年期(含5年以上)年利率为5.65%。目前，各个地区的银行住房贷款利率几乎没有优惠，即使有折扣，利率也是高于住房公积金的。公积金贷款对二手房价格的评估一般比较保守，毕竟公积金贷款属于工资福利性质的。基本上会比正常的市场价低，一般会低10%左右。商业贷款对二手房的价格评估比较灵活，基本上能够符合市场价。
二手住房公积金贷款期限主要与住房年龄有关，一般银行规定贷款年限和住房年龄不得超过30年，部分银行规定不超过40年或50年，此外，应注意贷款最长期限不得超过借款人法定退休年龄后5年。以上海二手房公积金贷款年限为例：二手房年龄≤贷款最长期限不超过30年，6年二手房年龄≤19年，贷款最长期限不超过35年与房龄之差，二手房≥贷款最长期限不超过15年，如果是男性，二手房公积金贷款的最长期限和借款人年龄不超过65岁，如果是女性，则不超过60岁。