如何预测具有miRNA结合位点的环状RNA
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发布时间：2022-04-22 06:06
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时间：2023-06-23 00:56
如何预测具有miRNA结合位点的环状RNA
长链非编码RNA（10ngnon-coding RNA，lncRNA）是一类转录本长度大于200bp的非编码RNA，可作为人类基因组中一类重要的*分子通过多种方式发挥其生物学功能． 近年来的研究表明，lncRNA也可以作为一种竞争性内源性RNA（competing endogenous RNA。
环状RNA：
动物体内的环状RNA（Circular RNA,CircRNA）是一类具有特殊未知功能的RNA，而且是客观大量存在的。
环状RNA由前体RNA通过剪切，然后由线性RNA的头对尾连接形成，以前的研究由于技术水平的*，把
这部分客观存在的RNA忽略了，随着深度RNA测序及规模化生物信息技术的发展，研究者才真正发现在生
物体内大量存在环状的RNA分子，环状RNA由于形成闭合的环状，在生物体内非常的稳定。
重要作用及研究意义：
在对circRNA 结构和功能研究的基础上，有研究人员发现它们在动脉粥样硬化，神经系统紊乱，糖尿病和
肿瘤等疾病发生过程中，发挥非常重要的作用。对环状RNA研究具有重要的意义:
1）circRNA独具的竞争性内源（ceRNA）特征可为药物开发提供新的思路；
2）circRNA的组织特异性和稳定性有可能使circRNA成为一种良好的生物标志物；
3) circRNA 的研究为生命的进化研究提供新的方向。
功能特征：
对于环状RNA的具体功能尚未有明确研究报道，目前只有几种假定的说法:
1）circRNA可以作为“sponge”海绵吸miRNA ，抑制其功能；
2) circRNA通过碱基互补配对直接*其他RNA水平；
3）circRNA能与蛋白质结合, 抑制蛋白质活性、募集蛋白质复合体的组分或*蛋白质的活性；
4）circRNA也可作为翻译的模板指导蛋白质的合成。
研究策略：
一、环状RNA确定与筛选
1）环状RNA生物信息学预测
2) 环状RNA高通量测序
3）环状RNA表达丰度检测
4）FISH 检测环状RNA的亚细胞定位
5）NorthernBlot 检测环化RNA的存在
二、环状RNA的功能研究
1）环状RNA的过表达实验（Gain of function）
2）环状RNA功能缺失实验（Loss of function ）
三、环状RNA的表达*
1）环状RNA与miRNA互作结合生物预测及实验验证
2）环状RNA与miRNA相互作用预测研究
3）环状RNA与蛋白相互作用研究
